과기정통부 관계자는 “기관 예산을 처음부터 올려서 잡은 경우가 없고, 오히려 깎지 않고 전년과 똑같이 갔기 때문에 이제 올라갈 일만 남았다”라며 “곧 있을 재정전략회의를 지켜봐야 하며, 여기서 나온 방향성에 따라 정부 수탁 사업들이 증액될 가능성도 있다”라고 설명했다.

또 다른 과기정통부 관계자도 “지출한도는 예산 요구서를 작성하기 위한 기초자료로 기술적 측면이 강해 큰 의미는 없다”라며 “과학기술 R&D는 계속 기재부와 협의를 해나갈 계획이기 때문에 지켜봐 달라”고 당부했다.

이같은 설명에도 과학계에서는 올해 삭감된 출연연 예산과 사업 예산들을 회복하기 어려울 것이라고 보고 있다. 또 다른 과학계 인사는 “기초자료라고 해도 재정당국에서 이같이 통보한 것은 이해하기 어렵다”라며 “올해 이미 줄인 예산에 맞춰 내년도 예산 요구서를 내라는 것은 과학기술혁신본부에 타격을 주는 한편 기재부와 정부가 원하는 사업영역만 키워 방향을 좌지우지하기 위한 것으로 볼 수밖에 없다”라고 지적했다.